El parque no solo es un refugio para la vida silvestre, sino también un hogar para varias comunidades indígenas, como los Tacana, Uchupiamonas y Tsimané. Estas comunidades han vivido en armonía con la naturaleza durante siglos, desarrollando un profundo conocimiento de su entorno y desempeñando un papel crucial en la conservación del parque.

La interacción entre los esfuerzos de conservación y las comunidades locales es fundamental para la protección de Madidi. Diversos programas de ecoturismo gestionados por indígenas han surgido, permitiendo a los visitantes experimentar la riqueza natural y cultural del parque mientras contribuyen a su preservación.